Wakame rappresenta la fonte più ricca di proteine, con un contenuto medio di 16.3 grammi per etto di prodotto. Anche il profilo aminoacidico e gli indici di qualità proteica sono buoni: la wakame contiene tutti gli amminoacidi essenziali, che contribuiscono per il 47.1% al contenuto proteico totale. L’amminoacido limitante è il triptofano; ciò rende l’alga wakame una fonte proteica complementare alle tradizionali fonti di proteine vegetali, come legumi e cereali.